La Viceconsejería de Educación se ocupa de las enseñanzas en las etapas educativas no universitarias, a excepción de la Formación Profesional. Es decir, todas las etapas educativas desde la Educación Infantil hasta el Bachillerato, además de la Educación de Personas Adultas, la enseñanza de lenguas en las Escuelas Oficiales de Idiomas y las Enseñanzas de Régimen Especial.

En relación con las citadas etapas, esta Viceconsejería planifica las acciones de ordenación, transformación e innovación del sistema educativo, define y coordina la política educativa en materia de enseñanzas no universitarias, así como su incidencia en el desarrollo curricular y normativo, la formación del profesorado, las necesidades educativas especiales y el desarrollo de programas de innovación educativa.

Supervisa las actuaciones para la evaluación de las enseñanzas y para la adopción de las medidas y planes de mejora, además de planificar y realizar el seguimiento de las propuestas de mejora de los objetivos lingüísticos dentro del sistema educativo.

Corresponde a la Viceconsejería de Educación investigar en el ámbito de la educación y la innovación educativa, vinculada a la enseñanza de los niveles no universitarios, así como promover la digitalización y la cultura digital como motor de transformación del sistema educativo actual en todas las etapas educativas. Como fruto de esa investigación e innovación, forma y asesora al profesorado en las diferentes metodologías y tecnologías que vayan emergiendo.
Junto con las viceconsejería de Formación Profesional y Universidades e Investigación, coordina el desarrollo e implementación de la Estrategia STEAM Euskadi.

Se ocupa de impulsar la autonomía y el liderazgo pedagógico de los centros docentes, y coordina la actuación de los equipos directivos para la mejora de los recursos, las personas, la organización y la autonomía pedagógica.
Coordina, asimismo, las relaciones con el Consorcio Haurreskolak. Tanto la Inspección Educativa como el Berritzegune Central dependen de esta Viceconsejería de Educación.