A la Viceconsejería de Ciencia e Innovación le compete desarrollar la política científica y la política de innovación vascas, exceptuando la innovación empresarial. Asimismo, lleva a cabo la coordinación interdepartamental e interinstitucional en el ámbito del Plan de Ciencia, Tecnología e Innovación, impulsando iniciativas estratégicas orientadas a los objetivos generales del mismo. Desde esta viceconsejería se gestiona el Fondo de Innovación del Gobierno Vasco, promoviendo y coordinando los grandes proyectos de ciencia e innovación, así como las infraestructuras científicas estratégicas, entre otros las estrategias IKUR 2030 y Basque Quantum.

Impulsa asimismo el emprendimiento de base científica y la generación, atracción, retención y repatriación de personal investigador desarrollada por la Fundación Vasca para la Ciencia Ikerbasque. Es responsable del impulso de los centros de investigación de excelencia BERC y de centros de investigación colaborativa CIC.

También, le corresponde promover medidas y acciones tendentes a facilitar la integración del Sistema Vasco de Ciencia, Tecnología e Innovación en el Sistema Europeo de Investigación, y ser órgano de relación con otras administraciones en materia de programas complementarios y fondos europeos en el ámbito de ciencia e innovación.