1.– La Dirección de la agencia corresponderá al director o directora, persona que será nombrada por Gobierno Vasco a propuesta del Consejo Rector, y tendrá a todos los efectos consideración de alto cargo y rango de director o directora, siéndole aplicable la legislación en materia de incompatibilidades para el ejercicio de las funciones públicas y la legislación presupuestaria en materia de retribuciones.

a) La dirección ordinaria de la agencia y de su personal.
b) La propuesta y ejecución de las decisiones del Consejo Rector.
c) La representación ordinaria de la agencia.
d) La concesión de ayudas y subvenciones en base a los criterios propuestos por el Consejo Rector, dando cuenta de ello a éste.
e) La formalización de convenios y protocolos.
f ) La contratación en nombre de la agencia, así como la disposición de gastos y ordenación de pagos, de acuerdo con lo previsto en la legislación vigente.
g) Cualesquiera otras funciones que le encomiende el reglamento de organización y funcionamiento de la agencia o al Consejo Rector.
h) Presentar al Consejo Rector las propuestas de orientaciones generales de la planificación, de plan director cuatrienal y de planes anuales, así como la propuesta de evaluación de los instrumentos y eficacia de la cooperación.
i) Proponer al Consejo Rector los planes generales de actividades de la agencia, el anteproyecto de presupuesto anual de la agencia, las plantillas y su régimen retributivo, así como la memoria anual.