Las tareas principales de la Dirección abarcan las relaciones con el Estado y la Comisión Europea derivadas de la gestión compartida de las ayudas estructurales de la UE (Programas Regionales FEDER), las relativas a la gestión del Instrumento Next Generation EU (Fondos REACT EU y Mecanismo de Recuperación y Resiliencia) y la propuesta de Mapa de Euskadi de Ayudas de Estado con Finalidad Regional. Así mismo contempla el estudio y propuesta de actuaciones en Política de Cohesión Interna (programas territoriales de actuaciones integrales).