Garraio Azpiegituren Zuzendaritza arduratzen da Euskadiren eskumenekoak diren azpiegiturak garatu eta mantentzeko inbertsioak planifikatu eta programatzeaz. Horretarako, obra-proiektuak idatzi, gainbegiratu eta haien onarpen teknikoa egiten du, bai eta haien gauzatzearen zuzendaritza, ikuskaritza, jarraipena eta kontrola ere. Euskal Trenbide Sarea erakunde publikoaren babes administratiboaz ere arduratzen da.