Portu, Itsas Gaien eta Itsasertzaren Zuzendaritzak Autonomia Erkidegoaren titulartasuneko portu-sistema kudeatzen du, portuko jabari publikoa planifikatuz, azpiegitura berriak garatuz, daudenak mantenduz eta erabilera emakiden, baimenen, erregelamenduen eta zerbitzuen bidez kontrolatuz. Ikuskapen-, kontrol- eta zehapen-eginkizunak betetzen ditu, larrialdi-proiektuak eta -planak onartzen ditu, portuei eragiten dien hirigintza-plangintza koordinatzen du eta Saileko beste arlo batzuetarako proiektuak gainbegiratzeko bulego tekniko gisa jarduten du. Kirol-nabigazioko eta urpekaritza profesionaleko titulazioak ere arautu eta kudeatzen ditu, eta urpeko jarduerak baimentzen ditu.
Gainera, ikerketa, berrikuntza eta portu-gobernantza bultzatzen ditu, itsas komunitatearen jarduera sustatzen du eta portu-hiria harremana indartzen du. Itsasertzaren jasangarritasunerako eta digitalizaziorako jarduerak garatzen ditu, kostaldeko eremuen dibertsifikazio ekonomikoa sustatzen du eta belaunaldien arteko erreleboa eta tokiko ekintzailetza bultzatzen ditu. Halaber, arrantza-azpiegiturak hobetzeko planak egiten ditu, eta laguntza teknikoa eta administratiboa ematen die Portuko Udal Kontseiluei eta Bermeoko Portua Babesteko Aholku Batzordeari.