Zerga Administrazioko Zuzendaritzaren xedea da Ekonomia Itunaren garapena eta aplikazio zuzena sustatzea, eta Euskadiko Zerga Koordinaziorako Organoaren (EZKO) esparruan zerga-arloko koordinazioa, harmonizazioa eta lankidetza sustatzea. Zerga Administrazioko Zuzendaritzari dagokio, halaber, Autonomia Erkidegoko Administrazio Orokorraren eta Instituzionalaren aholkularitza, kontrola eta ordezkaritza bere zerga-betebeharrak betetzeari dagokionez, baita bere tributu propioak diseinatu eta garatzea ere.

Era berean, Euskal Autonomia Erkidegoko Administrazio Orokorraren edo haren erakunde autonomoen organoetatik datozen eduki ekonomikoko egintzen edo nahitaezko diru-bilketaren aurkako erreklamazio ekonomiko-administratiboak ebazteko ardura du Zuzendaritzari atxikitako Euskadiko Auzitegi Ekonomiko Administratiboak (EAEAk).