Zuzendaritza honetatik, Osasun Sailarekin lankidetzan, plan estrategiko eta operatiboak diseinatu, planifikatu eta ebaluatzen ditugu berrikuntza jardueren inguruan. Euskal Osasun Sistemari laguntza ematen dio osasun zerbitzuak etengabe birsortzeko, kudeaketa-tresna eta sistemak sortzeko eztabaida, prospektiba, joerei, aldaketei eta eskaerei aurre hartzea sustatzeko, sistema hiritarren arreta beharrei uneoro egokitu dadin. Euskal Osasun Sistemaren berrikuntza sustatu eta errazten dugu. Horretarako, jarduerak sistemaren lehentasun estrategikoei daude bideratuta; prozesuontzat egokienak diren antolaketak eta egiturak diseinatzen ditugu; arrazionalizazioaren eta giza- zein materia-baliabideen irizpideetan oinarrituta dedikazioa eta kudeaketa integrala errazten dugu, kudeaketa eta prozeduren bateratze-jardueren koordinazioa bermatze aldera. Osasun Sistemak eta Euskadik duten izen onari eusteko eta nazioarteko erreferente gisa posizionatzeko egingo dugu lan.