Justizia Administrazioko Zuzendaritzari honako eginkizun hauek dagozkio:

a) Organo eskudunari plantilla organikoa proposatzea, langileak antolatzea eta lanpostuen zerrenden bidez egiturako unitateetan integratzea, eta ondoren horiek kudeatzea eta betetzea.
b) Organo eta bulego judizialei laguntzeko langileak jartzea, Auzitegi Medikuntzako Euskal Erakundea barne
c) Justizia Administrazioaren eremu guztietan langileen politika planifikatu, zuzendu eta bultzatzea
d) Justizia Administrazioan hizkuntza-normalizazioa bultzatzea;
e) Lanbide juridikoetan eta Justizia Administrazioarekin zerikusia dutenetan sartzeko prestakuntzan laguntzeko sistema bat planifikatu eta garatzea.
f) Bake Epaitegietarako laguntza-programak kudeatzea eta Justizia arloko jarduerak bultzatzea.
g) Justizia Administrazioaren zerbitzura dagoen peritaje judizialaren eta euskara-itzulpenaren sarea antolatu eta zuzentzea.
h) Justizia Administrazioko epaile, magistratu, fiskal eta letraduen prestakuntza programatzea Autonomia Erkidegoaren esparruan.
i) Organo eta zerbitzu judizialen eta horien instalazioen segurtasuna zaintzea
j) Justizia Administrazioko Prebentzio Zerbitzua kudeatzea.