Portu eta Itsas Gaietako zuzendaritzan daukagun eginkizun nagusia Eusko Jaurlaritzaren 15 portuen plangintza egitea, horiek kudeatzea eta antolatzea da. Honako hauek dira portuak: zazpi Gipuzkoan (Hondarribia, Donostia, Orio, Getaria, Zumaia, Deba eta Mutriku) eta zortzi Bizkaian (Ondarroa, Lekeitio, Ea, Elantxobe, Mundaka, Bermeo, Armintza eta Plentzia).
Eskumen osoa daukagu portu horietan; horien plangintza egiten dugu (lurralde-plan sektorialak edo LPS eta antolamenduko plan bereziak), eraikuntzazko proiektuak egiten ditugu eta portuak hobetzeko edo portuetako azpiegiturak eta instalazioak mantentzeko behar diren obrak kontratatzen ditugu. Portuen jabari publikoaren okupazioa kudeatzen dugu (Emakidak eta Baimenak) eta itsasontzien amarratze Baimen-tituluak ematen ditugu.
Zuzendaritzaren ardura ere bada mota guztietako Portu Zerbitzuak ematea eta itsas nabigazioko eta barruko uretako nabigazioko legedian ezarritako larrialdi eta segurtasun planak prestatzea.
Azkenik, Euskadiko Kirol Portuak (EKP) eta Zumaiako Kirol Portua (ZKP) sozietate publikoen eta Itsas Administrazioko Eskolaren jarduera zaintzen dugu.