Arrantza, Portu eta Itsasertzeko Sailburuordetzak honako hauek koordinatzen ditu: arrantzaren antolamendua, itsaski-bilketa, akuikultura eta urpekaritza profesionala; kofradiei eta arrantza-sektoreari laguntzea; nautika- eta arrantza-prestakuntza; eta balio-katea eta itsas ekintzailetza bultzatzea. Itsasertzaren plangintzaz, azpiegiturez eta zerbitzuez ere arduratzen da, baita portuen kudeaketaz, itsas gaiez eta sektoreko ekonomia urdinaren eta lan-segurtasunaren politikez ere.
Gainera, Zumaiako Kirol Portuaren eta Euskadiko Kirol Portuaren (EKP) gaineko eskumenak ditu, eta bere ardurapean ditu Arrantza eta Akuikultura Zuzendaritza eta Portu, Itsas Gai eta Itsasertzeko Zuzendaritza.