La Dirección de Puertos, Asuntos Marítimos y Litoral gestiona el sistema portuario de titularidad autonómica, planificando el dominio público portuario, desarrollando nuevas infraestructuras, manteniendo las existentes y controlando su uso mediante concesiones, autorizaciones, reglamentos y servicios. Ejerce funciones de inspección, control y sanción, aprueba proyectos y planes de emergencia, coordina el planeamiento urbanístico que afecta a los puertos y actúa como oficina técnica de supervisión de proyectos para otras áreas del Departamento. También regula y gestiona las titulaciones náutico-recreativas y de buceo profesional, y autoriza actividades subacuáticas.
Además, impulsa la investigación, la innovación y la gobernanza portuaria, fomenta la actividad de la comunidad marítima y refuerza la relación puerto-ciudad. Desarrolla actuaciones para la sostenibilidad y digitalización del litoral, promueve la diversificación económica de las zonas costeras y apoya el relevo generacional y el emprendimiento local. Asimismo, elabora planes para mejorar las infraestructuras pesqueras y presta apoyo técnico y administrativo a los Consejos Municipales Portuarios y al Comité Consultivo de Protección del Puerto de Bermeo.