Corresponde a la Dirección de Aprendizaje e Innovación Educativa la planificación, impulso y desarrollo de la enseñanza no universitaria, a través de diferentes programas de innovación educativa que respondan a líneas de actuación marcadas por la Viceconsejería de Educación, tales como el fomento de las competencias digitales y el aprendizaje basado en competencias, impulso de la cultura STEAM, o la promoción del plurilingüismo con el euskera como eje central.