La mejora de la competitividad de las estructuras productivas de las explotaciones agrarias. Programas y actuaciones en materia de producción y sanidad vegetal y animal, incluyendo las producciones integrada y ecológica.
El seguimiento de las políticas de la Unión Europea en Organización Común de Mercados de productos agrarios, precios y medidas compensatorias. Elaborar y coordinar programas de gestión de la Política Agrícola Común (PAC).
Organo de dirección del Organismo Pagador de los gastos de la Política Agrícola Común de la Unión Europea en la Comunidad Autónoma del País Vasco.
Desarrolla las medidas de protección, salud y bienesar animal. Gestiona mercados agrícolas y ganaderos ejerciendo la inspección.
Ejecutar actuaciones de ordenación, control y producción de semillas y plantas de vivero. Gestiona la constitución, registro y control de las Sociedades Agrarias de Transformación, de Explotaciones Agrarias y el Registro Especial de Arrendamientos Rústicos. Efectua el registro y promoción de agrupaciones de productores agrarios y sus uniones en la Comunidad Autónoma.