Tiene atribuidas las siguientes funciones y áreas de actuación:
• Diseñar la política universitaria del departamento en colaboración con los agentes involucrados.
• Articular los instrumentos que permitan armonizar y adecuar a las necesidades sociales todo el conjunto de los estudios reglados en materia de universidades en la Comunidad Autónoma del País Vasco, para alcanzar los objetivos previstos en su política universitaria.
• Coordinar el desarrollo integral del sistema universitario vasco, promocionar y garantizar su calidad, e impulsar y promover el diseño y aprobación del Plan del Sistema Universitario y de los diferentes contratos-programa, así como su actualización, en coordinación con la Viceconsejería de Ciencia e Innovación.
• Fomentar y ayudar a la euskaldunización del personal de la Universidad del País Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea.
• Colaborar con Unibasq – Euskal Unibertsitate Sistemaren Kalitate Agentzia / Agencia de Calidad del Sistema Universitario Vasco.