Corresponde a la Dirección de Innovación Educativa la planificación, impulso, desarrollo y evaluación en la enseñanza no universitaria de diferentes programas que respondan a líneas de actuación marcadas por la Viceconsejería de Educación: hacia el plurilingüismo, sare-hezkuntza, aprendizaje basado en competencias, atención a la diversidad, convivencia e igualdad de género. Y todo ello en el marco de una escuela inclusiva, desde una perspectiva ética y coeducadora, innovadora y creativa.