La Viceconsejería de Pesca, Puertos y Litoral coordina la ordenación de la pesca, el marisqueo, la acuicultura y el buceo profesional; el apoyo a las Cofradías y al sector pesquero; la formación náutico-pesquera; y el impulso de la cadena de valor y el emprendimiento marítimo. También se ocupa de la planificación del litoral, sus infraestructuras y servicios, así como de la gestión portuaria, los asuntos marítimos y las políticas de economía azul y seguridad laboral del sector.
Además, ejerce las competencias sobre Zumaiako Kirol Portua y Euskadiko Kirol Portua (EKP), y tiene bajo su responsabilidad las direcciones de Pesca y Acuicultura y de Puertos, Asuntos Marítimos y Litoral.