Corresponde a esta Dirección La gestión económica del Departamento, estableciendo y manteniendo los correspondientes sistemas de información, evaluación continuada y seguimiento. Se ocupa de coordinar y elaborar el Anteproyecto de Presupuestos del Departamento y ejercer el seguimiento del mismo, la tramitación de las modificaciones presupuestarias pertinentes y la evaluación de los programas de gasto departamentales. Entre sus funciones figura también la de asesorar a todos los órganos del Departamento en materias de financiación y gestión presupuestaria.

La Dirección de Gestión Económica realiza el estudio, la propuesta y la gestión de todo tipo de expedientes en materia de concertación y acuerdos de financiación de centros docentes privados de enseñanza no universitaria, y gestiona tanto los comedores escolares como el transporte en los centros docentes públicos de enseñanza no universitaria. De igual manera, se ocupa de la gestión de las becas y ayudas al estudio dirigidas al alumnado de los niveles de enseñanza no universitarios.