La Secretaría General de Emakunde ejerce las funciones de gestión, coordinación y soporte administrativo y técnico del Instituto. Le corresponde, por delegación de la Dirección, la representación del organismo en sus relaciones con otros departamentos y entidades; el impulso, coordinación y supervisión de los servicios vinculados a la gestión económico-financiera, presupuestaria y patrimonial, la planificación, los estudios y la documentación, la asesoría jurídica, la programación y la cooperación interinstitucional. Asimismo, asume la gestión del personal, la elaboración de procedimientos internos, la tramitación de expedientes sancionadores, la secretaría y gestión administrativa de los principales órganos colegiados de igualdad, y la garantía del adecuado funcionamiento de los servicios de información y atención a la ciudadanía, prestando en todo momento apoyo técnico y administrativo a la Dirección para el cumplimiento eficaz de los fines de Emakunde.