Diseñar y ejecutar programas dirigidos a la diversificación de ayudas económicas para la mejora de la competitividad de las empresas pesqueras. Los recursos marítimo-pesqueros, marisqueros, de la acuicultura y de la pesca continental. Asistir y apoyar a la flota pesquera del País Vasco. Organo de relación con las Cofradías de Pescadores, así como con las organizaciones profesionales pesqueras y agrupaciones de productores pesqueros.
Aplica el Fondo Europeo de la Pesca y otorga las licencias, autorizaciones y concesiones que establece la Ley 6/1998, de 13 de marzo, de Pesca Marítima y gestiona sus registros.
Promueve la capacitación profesional náutico-pesquera. Ordena la pesca deportiva y lleva a cabo la ordenación y gestión de titulaciones y enseñanzas náutico-recreativas y el buceo profesional.
Desarrollo de las normas, planes y programas de la Unión Europea en materia de Pesca y Acuicultura.